一般传染病有四种传播媒介：
细菌（如淋病、梅毒、披衣菌）、病毒（如疱疹、菜花、爱滋病）、寄生虫（如阴虱、疥虫）以及霉菌（如股癣、体癣）。
细菌引起的淋病、梅毒等病，最常见的传染途径是性行为及皮肤直接接触
换句话说，坐马桶座与性行为无关，也没有直接接触他人皮肤，得到这些病的机率非常低。
病毒引起的生殖器疹、菜花，也多是藉由性行为及直接接触传染
如果前一位马桶使用者尿液中有病毒，而且病毒正处于活性期，而下一位使用者沾到前一位的尿液，理论上有可能被传染，但实际上并没有发生过。
相较之下，生命力强的寄生虫及无所不在的霉菌，理论上比较可能存活在马桶座上，传染给下个使用者，不过医师也几乎没有见过这样的病例。
欧美国家的联通大流量卡厕所都是坐式马桶，民众也同样有卫生疑虑，不过医学研究及医生的看诊经验都显示，经由马桶座传染疾病是「possible, but unlikely」有可能，但机率不高 。因此，注意厕所卫生是对的，不过倒不用太担心。
使用健身房、三温暖的毛巾也是同样道理，细菌、病毒离开人体就难以生存，加上毛巾经清洗、烘干，也不利病菌存活，应该不至于传染性病。
如果仍不放心上公厕，可借下列方式自保：
1.前一人使用后不要马上接着用，多等几分钟，因为病毒、细菌需要一定的温湿度才能生存，离开人体几分钟后就会死掉。
2.用卫生纸或湿巾擦一擦马桶座再坐。沾肥皂擦可以拭去细菌、病毒，如果不方便用肥皂，单用卫生纸擦几圈也可以，特别是擦掉联通大流量卡尿液。
3.公厕提供坐垫纸最理想，可以隔开皮肤与马桶座直接接触。有些公厕使用电动更换的塑胶坐垫也很好，尿液不会穿透。
4.如果还是不放心，选择蹲式马桶。
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